Pada dasarnya pajak masukan merupakan pajak pertambahan nilai yang telah dibayarkan oleh pengusaha kena pajak karena adanya perolehan dari barang kena pajak atau bisa diartikan sebagai adanya penerimaan jasa kena pajak, pemanfaatan barang kena pajak yang tidak berwujud dari luar daerah pabean, penerimaan jasa dari luar daerah pabean, atau adanya pengimporan barang kena pajak.
Pajak masukan yang telah dibayarkan oleh pengusaha kena pajak saat perolehan atau impor barang kena pajak atau penerimaan jasa kena pajak ini dapat dikreditkan dengan pajak keluarannya yang dipungut oleh pengusaha kena pajak pada saat menyerahkan barang kena pajak atau jasa kena pajaknya. Namun yang perlu kita ketahui dalam melakukan pengkreditan pajak masukan dengan pajak keluaran harus dilakukan didalam masa pajak yang sama.
Dalam perhitungannya, pajak pertambahan nilai diwajibkan untuk dibayar dan disetorkan oleh pengusaha kena pajak ke kas negara, wajib pajak perlu memperhatikan bahwa sebelumnya wajib pajak harus mengurangi pajak keluaran dan pajak masukan yang dapat dikreditkan. Dalam prosesnya terdapat 2 asumsi yang akan terjadi yaitu yang pertama adalah jika di suatu masa pajak, pajak keluaran lebih besar daripada pajak masukannya maka selisihnya adalah pajak pertambahan nilai yang harus dilakukan pembayaran oleh pengusaha kena pajak ke kas negara. Sedangkan yang kedua adalah jika pajak masukan dapat dikreditkan, namun ternyata pajak masukan tersebut belum dikreditkan oleh pajak keluaran dalam masa pajak yang sama, maka dapat dikreditkan ke masa pajak berikutnya paling lama 3 bulan setelah masa pajak yang bersangkutan berakhir sepanjang belum dibebankan sebagai biaya serta belum mendapat pemeriksaan pajak.
Dalam pengkreditannya, pajak masukan yang telah di bayarkan itu atas perolehan barang kena pajak atau jasa kena pajak dan dikreditkan dengan pajak keluaran ditempat pengusaha kena pajak di kukuhkan. Selain itu faktur pajak yang pada dasarnya menjadi dasar pengkreditan juga harus memenuhi persyaratan dan ketentuan yang berlaku yaitu antara lain adanya alamat pengusaha kena pajak yang tercantum dalam faktur pajak harus sama dengan alamat pengusaha kena pajak yang tercantum dalam surat keputusan pengukuhannya.
Namun, Direktur Jenderal Pajak dapat menentukan tempat lain selain tempat pengusaha kena pajak dikukuhkan sebagai tempat pengkreditan pajaknya atas perolehan barang kena pajak atau jasa kena pajak baik dari permohonan tertulis dari pengusaha kena pajak maupun secara jabatan.
Dalam kompensasi kelebihan pajak masukan. Jika dalam suatu masa pajak, pajak masukan yang dikreditkan lebih besar dari pajak keluaran maka karena itu selisihnya adalah kelebihan pajak yang dapat dikompensasikan ke masa pajak berikutnya. Selain itu jika dalam suatu masa pajak terdapat terdapat pajak masukan yang dapat dikreditkan lebih besar dari pajak keluarannya maka kelebihan pajak tersebut tidak dapat diminta kembali oleh pengusaha kena pajak, tetapi dapat dikompensasikan kembali ke masa pajak berikutnya . Namun jika perusahaan yang berkaitan mengalami pembubaran sebelum tahun pajak berakhir maka kelebihan pembayaran pajaknya tersebut dapat diminta kembali saat pembubaran tersebut terjadi sehingga pengembalian atas kelebihan pembayaran tersebut bisa diberikan setelah dilakukannya pemeriksaan pajak.
